Skype bevat mogelijk een backdoor waardoor overheidsinstanties gesprekken kunnen afluisteren, dat zou een hooggeplaatste Oostenrijkse functionaris hebben gesuggereerd door te zeggen dat het geen probleem is om Skype conversaties af te luisteren. Skype heeft het gerucht niet bevestigd of ontkend, omdat het niet reageert op speculaties in de media, aldus een woordvoerder. Er gaan al langer geruchten over een speciaal afluisterapparaat dat Skype aan geïnteresseerde overheidsinstanties verkoopt. De speculaties worden aangewakkerd door het feit dat er geen details over het gesloten Skype protocol bekend zijn, en dat ook niet duidelijk is hoe de client werkt.

Wie ongestoord via het internet wil bellen kan al sinds 2006 Phil Zimmerman's Zfone gebruiken, dat het gesprek versleutelt. Volgens de PGP-ontwikkelaar is Voice over IP veel eenvoudiger af te luisteren dan de traditionele telefoonlijn. "Het is veel eenvoudiger, omdat je niet meer fysiek aanwezig hoeft te zijn."

Een bijkomend probleem is dat door VoIP nu ook de overheid afgeluisterd kan worden. "Iedereen kan ons aftappen, de Russische mafia, buitenlandse regeringen, hackers of boze werknemers." Volgens de privacyheld hebben we simpelweg geen keuze, tenzij iedereen weer teruggaat naar een vaste lijn.